Джон Гэвин Малкович родился 9 декабря 1953 года, в городке Кристофер, штат Иллинойс, США. Его отец хорватского происхождения. В школе Джон Малкович занимался музыкой. Учился в Восточно-Иллинойском университете, изучая экологию. В 1976 году Малкович с друзьями организовал чикагскую группу Steppenwolf Theater Company.
Дебют Джона Малковича на профессиональной сцене состоялся в 1978 году в труппе чикагского театра Steppenwolf Theatre. Они играли пьесу Сэма Шепарда«Проклятье голодающего класса» в Goodman Theatre. В течение семи лет Малкович работал в самых разных местах и при этом продолжал играть в театре — принял участие более чем в 50 постановках. В 1984 году он выступил на Бродвее в спектакле «Смерть коммивояжера» совместно с Дастином Хоффманом. Во время работы на Бродвее Джон Малкович дебютировал в кинематографе в фильме «Места в сердце», за который был номинирован на «Оскар».
Одной из его лучших ролей в кино стал виконт де Вальмон в экранизации классического романа «Опасные связи» (1988). Вскоре актера пригласил Бернардо Бертолуччи на главную роль в своем фильме «Под покровом небес» (1990), затем он сыграл изобретательного убийцу в боевике Вольфганга Петерсена «На линии огня». За эту работу актёр удостоился второй номинации на «Оскар». В 1999 году он исполнил роль самого себя в нашумевшем фэнтэзи «Быть Джоном Малковичем». В 2008 г. снялся у братьев Коэнов в комедии «После прочтения сжечь». Несмотря на головокружительную карьеру в кинематографе, Джон Малкович продолжает выступать как театральный актёр.
Джон Малкович был женат на актрисе Гленн Хедли с 1982 по 1988 год, после чего они развелись из-за романа актёра c Мишель Пфайффер. Вскоре на съёмочной площадке кинофильма «Под покровом небес» он встретил Николетту Пейран, которая работала там вторым ассистентом режиссёра. У них есть двое детей — дочь Амандайн (род. 1990) и сын Лоуи (род. 1992).
Актёр прекрасно разговаривает на французском языке, поскольку десять лет жил на юге Франции и работал в местном театре. Он и его семья покинули страну в 2003 году и переехали в Кембридж, штат Массачусетс, где живут по сей день.
Малкович потерял миллионы долларов, когда вложил деньги в финансовую пирамиду, организованную Бернардом Мейдоффом.
