Том Уилкинсон родился в Лидсе (Уэст-Йоркшир) в семье городских фермеров. Экономические трудности заставили семью на некоторое время уехать в Канаду, когда Том был маленьким. После возвращения в Англию Том поступил и закончил Университет Кента в Кентербери, получив степень по английской и американской литературе. Также посещал Королевскую академию драматических искусств.
Женился на британской актрисе Диане Хардкасл (Diana Hardcastle) в 1988 году. В семье две дочери: Алиса (Alice, род. 1989) и Молли (Molly, род. 1992).
Впервые стал сниматься на телевидении и в кино в середине 1970-х, преимущественно играя героев, страдающих эмоциональной подавленностью и претендующих на общественную роль.
Широкую известность в мире ему принесли появившиеся в 1997 году фильмы «Мужской стриптиз» Питера Каттанео, номинировавшийся четырежды на кинопремию «Оскар»; «Оскар и Люсинда» Джулиана Армстронга и «Уайльд» Брайана Гилберта.
Роль авторитетного адвоката Артура Эденса, страдающего биполярным аффективным расстройством, которую Уилкинсон исполнил в триллере «Майкл Клейтон», принесла актёру вторые номинации на «Оскар» и «Золотой глобус».
Том Уилкинсон выступал на сцене таких британских театров, как The Oxford Playhouse, The Royal Shakespeare Company, The National Theatre, а также на сценах лондонского Вест-Энда.