С момента создания Музей сохраняет статус ведущего российского центра по изучению религии во всём многообразии ее исторических форм – с глубокой древности до наших дней. Ежегодно Музей организует более 40 временных выставок в России и за рубежом, открывает новые постоянные экспозиции и Фонды открытого хранения, публикует каталоги выставок и коллекций.
На протяжении 90 лет музейные сотрудники бережно хранят и реставрируют музейные предметы – уникальные памятники истории и культуры разных стран, эпох и народов, древнейшие из которых датированы VI тыс. до н.э. В 1932 г. коллекция Музея насчитывала всего 847 предметов. Сегодня их количество приближается к отметке в 200 тысяч единиц.
В год 90-летия музей представляет вторую по счету выставку, рассказывающую о пополнении и комплектовании фондов. На ней экспонируются произведения, переданные в музейное собрание на основании Приказа Министерства культуры Российской Федерации из фондов ликвидированной в 2017 г. решением Верховного суда РФ общественной организации «Международная конфедерации Союза художников» (МКСХ). Конфедерация была образована в 1992 г. В роли ее учредителей выступили республиканские и региональные Союзы художников, некогда образовывавшие Союз художников СССР и являвшиеся его правопреемниками.
В основе переданного в 2021 г. в Музей истории религии комплекса работ лежат произведения советских художников-графиков, созданные в 1930 – 1980 гг. XX века. Их дополняет небольшая подборка живописных произведений и предметы среднеазиатского декоративно-прикладного искусства. Авторство многих из них принадлежит мастерам, внесшим заметный вклад в искусство Азербайджана, Армении, Белоруссии, Грузии, Казахстана, Литвы, России, Украины, Узбекистана, Эстонии.