В апреле 2003 года было подписано постановление Правительства Москвы "О создании в Москве Культурно-мемориального комплекса истории Военно-морского флота", на основании которого 22 августа 2003 года было создано Государственное учреждение культуры города Москвы "Подводная лодка - музей" (ГУК "Подводная лодка - музей"). В ноябре 2003 года вышло постановление Правительства Москвы "О размещении музейно-мемориального комплекса истории Военно-морского флота России и культурно-развлекательного центра в акватории Химкинского водохранилища", где и встала на вечную стоянку дизельная подводная лодка Б-396 проекта 641Б.
26 июля 2006 года состоялось торжественное открытие "Подводной лодки - музея". В июне 2007 года из Каспийска в музей доставлены амфибийные средства ВМФ - боевой морской транспортно-десантный экраноплан "Орленок" и десантно-штурмовой катер на воздушной подушке "СКАТ". Таким образом, в состав экспозиции музея входит не только знаменитая подводная лодка "Новосибирский комсомолец", но хоть и не многочисленная, однако целая эскадра разнородных сил ВМФ, среди которых уникальные экспонаты, не имеющие аналогов в мире.
В настоящее время развернута экспозиция "Подводная лодка - музей", установлены экраноплан "Орленок" и катер на воздушной подушке "СКАТ"; развернута экспозиция на площадках боевой техники ВМФ. В феврале 2010 года открылся для посетителей образовательный (тренажерный) Стенд виртуального пилотирования экраноплана "Орлёнок" (СВП), который выполнен на базе сверхсовременных технологий лидера отечественных программно-аппаратных средств компании Транс-Форс. СВП представляет собой модель кабины боевого морского транспортно-десантного экраноплана "Орлёнок" и предназначен для имитации полета и выполнения боевых задач с использованием органов управления и навигационных приборов. Он работает как в автоматическом режиме по заранее подготовленным автоматизированным сценариям миссий, так и в ручном режиме, что позволяет отработать посетителям взлет, посадку, управление экранопланом в ночных, а также при плохих погодных условиях, выбрать различные маршруты путешествия.