Начал карьеру в клубе «Эмелек» из родного Гуаякиля. В сферу интересов российских агентов, работающих для казанского клуба, попал случайно, Курбану Бердыеву предложили другого игрока, но на просмотре он отметил именно Нобоа.
«Рубин»
Нобоа в футболке казанского «Рубина»
В 2007 году подписал контракт с «Рубином» на пять лет. Сразу после приезда в Россию, Кристиан поел снега, который увидел впервые в жизни, и заболел пневмонией. В дебютном матче против «Ростова» забил гол в свои ворота. Первый мяч в Премьер-лиге забил в ворота московского «Спартака». Стал первым эквадорцем в российском футболе.
В 2008 году Нобоа стал одним из ключевых футболистов в тактической схеме Курбана Бердыева, хотя и получил место в основном составе лишь после июньского перерыва. Сыграл в итоге 21 матч и забил шесть голов. В Казани познакомился с русской девушкой Ольгой, выучил русский язык.
В 2010 году ходили возможные слухи о продолжении карьеры полузащитника в Европе, но, тем не менее, Нобоа остался в составе «Рубина»: в том году эквадорец стал одним из лидеров команды, много забивая и отрабатывая в обороне.
8 мая 2011 года в матче «Рубин» — «Краснодар» стал первым игроком в чемпионате России, который не смог реализовать два пенальти в одном матче: в первом случае он послал мяч выше ворот, а во втором — мяч отбил вратарь.
«Динамо» (Москва)
В зимнее межсезонье 2011/12 Нобоа перешёл в состав московского «Динамо» за € 8 млн. В своём четвёртом матче за новую команду забил победный мяч для московского «Спартака», поразив собственные ворота. 25 августа 2012 года в матче против «Локомотива» Кристиан забил свой дебютный гол за «Динамо», который оказался победным — 2:3. В октябре «Рубин» готов был выкупить у «Динамо» Нобоа за € 4 млн после того, как фанаты «Динамо» требовали избавиться как от Нобоа, так и от других футболистов.
В августе 2013 года Нобоа признан лучшим футболистом «Динамо» по итогам месяца. Летом 2014 года Нобоа заявил, что хочет продлить контракт с «Динамо» с улучшением условий договора. Однако уже осенью 2014 года он и Владимир Гранат были отправлены в дубль и вопрос о продлении контракта стал зависеть от нового лимита на легионеров, который будет в РФПЛ в сезоне 2014/15, и от того, что Динамо не могло предложить игроку улучшенные условия. Позже стало известно, что «Динамо» предлагало Нобоа контракт всего на 6 месяцев с зарплатой в рублях, а не в евро[20]. В итоге, контракт с игроком истёк, и он покинул московское «Динамо».
ПАОК
Интерес к Нобоа, как к свободному агенту, проявляли «Трабзонспор» и «Севилья», но 9 января 2015 года Нобоа официально стал игроком греческого клуба ПАОК, заключив контракт до 30 июня 2017 года. 18 января в матче против «Платаниаса» Кристиан дебютировал в греческой Суперлиге. 21 февраля в поединке против «Верии» забил свой первый гол за ПАОК.
«Ростов»
29 июля 2015 года вернулся в Россию в качестве игрока футбольного клуба «Ростов». По словам самого футболиста главной причиной возвращения Кристиана в Россию послужил нынешний наставник команды Курбан Бердыев, известный ему по работе в «Рубине». В первом же матче за новый клуб отметился голом, поразив ворота «Амкара».
«Зенит»
4 июня 2017 года перешёл в «Зенит» на правах свободного агента. Соглашение рассчитано на 3 года. Дебютировал в ответном матче третьего квалификационного раунда Лиги Европы.
Аренда в «Рубин»
18 февраля 2018 года перешёл на правах аренды в казанский «Рубин».
