Член Бюро РОДП "ЯБЛОКО".
С июня 1997 года по ноябрь 2000 года - Шишлов А.В. являлся председателем Санкт- Петербургской Региональной партии центра - Санкт- Петербургского отделения общественного объединения "ЯБЛОКО".
С июня 1999 по декабрь 2001 года - член Бюро Центрального Совета объединения "ЯБЛОКО", с декабря 2001 г. - член Бюро партии «Яблоко».
С 2005 по 2008 год – член Бюро Либерального Интернационала.
С 1977 по 1990 год- работал инженером, научным сотрудником, заведующим лабораторией в научно-исследовательских институтах в области управления сложными системами.
С 1988 года- Александр Владимирович активно участвует в демократическом движении.
В 1990 году Александр Владимирович избран депутатом Ленинградского городского Совета, в 1991 году - членом президиума, в 1992 году - членом малого Совета. Работал в комиссиях по самоуправлению и по законодательству.
С 1994 по 1995 год - директор программ Санкт- Петербургского гуманитарно-политологического центра "Стратегия".
В декабре 1995 года Шишлов А.В. был избран в Государственную Думу 2-го созыва по списку общественного объединения "ЯБЛОКО" (Санкт- Петербургский региональный список). Работал заместителем председателя Комитета по делам Федерации и региональной политике.
В декабре 1999 года избран в Государственную Думу 3-го созыва по списку общественного объединения "ЯБЛОКО" (Санкт-Петербургский региональный список), работал заместителем председателя Комитета по образованию и науке, с апреля 2002 года - председатель Комитета по образованию и науке.
С 2002 по 2003 год - член Коллегии Министерства образования РФ, Правительственной комиссии по образованию, Правительственной комиссии по научно-иновационной политике.
С 1996 по 2003 год - член делегации Федерального собрания РФ в Парламентской Ассамблее Совета Европы, заместитель председателя группы либералов, демократов и реформаторов в ПАСЕ, член Комиссии ПАСЕ по юридическим вопросам и правам человека.
С августа 2005 года - советник Постоянного представительства Российской Федерации при международных организациях в Вене, занимается вопросами взаимодействия с международными организациями в сфере науки, инноваций и образования.
С 2012 года- Шишлов Александр Владимирович назначен уполномоченным по правам человека в Санкт-Петербурге.