Действие происходит в России в 1598-1605 годах.
Сцена I
Борис Годунов в Новодевичьем монастыре под Москвой. Пристав требует, чтобы собравшийся у стен монастыря народ молил Бориса венчаться на царство. Дьяк Щелкалов сообщает, что Борис и слышать не хочет о троне. К монастырю подходят калики перехожие и призывают молиться о спасении Руси. Стрельцы велят толпе приходить завтра в Кремль и славить Бориса.
Сцена II
На следующий день Бориса коронуют на царство. Нового царя гнетут сомнения и зловещие предчувствия, он молит Бога о милости. Борис велит созвать на пир всех, народ славит царя.
Сцена III
Чудов монастырь. Монах Пимен дописывает последнюю главу летописи. Послушник Григорий, проснувшийся от дурного сна, жалеет, что на своём веку не повидал ни света, ни славы, и расспрашивает Пимена о гибели царевича Дмитрия, законного наследника престола. Монах вспоминает, что убийцы перед смертью назвали виновником Бориса, и мимоходом упоминает, что Григорий с Дмитрием – ровесники. Оставшись один, Григорий решает бежать из монастыря и бросить вызов Борису: «И не уйдёшь ты от суда людского, как не уйдёшь от Божьего суда!»
Сцена IV
Решившись обвинить Бориса и назваться царевичем Дмитрием, Григорий отправляется на литовскую границу, чтобы искать помощи в другой стране. В корчме он встречает бродячих монахов Варлаама и Мисаила. Он выспрашивает у хозяйки дорогу. Появляются два пристава: они разыскивают беглого монаха Григория. Пристав неграмотен, и Григорий зачитывает указ за него, подменив своё описание описанием Варлаама. Но Варлаам грамотен и разоблачает ложь. Григорий спасается бегством, его преследуют.
Сцена V
Царский терем. Дочь Бориса Ксения горюет об умершем женихе. Отец ласково утешает её, затем беседует с сыном о делах престола. Но нет Борису покоя: что бы он ни делал для народа, всё оборачивается неудачей, и после убийства царевича его винят за всё. Князь Шуйский приносит вести о самозванце, заручившемся поддержкой польского короля и папы римского. Узнав, что самозванец называет себя царевичем Дмитрием, Борис в смятении. Шуйский заверяет его, что царевич никак не мог остаться в живых, и говорит, что видел тело мальчика после убийства: через три дня после смерти не было и следа тления, казалось, будто царевич спит. Шуйский уходит, и Борис даёт волю страху: ему мерещится призрак убитого ребёнка. Терзаясь виной и раскаянием, царь умоляет о прощении.
Сцена VI
Москва, площадь перед собором Василия Блаженного. Собравшийся на площади голодный люд обсуждает слухи о якобы вернувшемся царевиче и приближении его войска. Мальчишки дразнят Юродивого и отнимают у него копеечку. Борис со свитой выходит из собора раздавать милостыню, и Юродивый просит царя приказать убить мальчишек, как он приказал убить царевича Дмитрия. Шуйский велит схватить Юродивого, но Борис останавливает бросившуюся к Юродивому стражу и просит помолиться за него. Юродивый отвечает, что нельзя молиться за детоубийцу. Когда царская свита уходит и толпа рассеивается, Юродивый оплакивает горькую судьбу Руси.
Сцена VII
Боярская дума выносит самозванцу смертный приговор. Шуйский рассказывает о видениях царя. Неожиданно появляется Борис. Ему снова чудится убитый мальчик. Когда царь приходит в себя, Шуйский приводит в Думу Пимена. Монах рассказывает о чудесном исцелении слепого, помолившегося над могилкой царевича Дмитрия. Борис падает без чувств. Очнувшись, отсылает бояр и зовёт сына. Назвав его наследником престола, Борис прощается с детьми и умирает.
