В 1989 году баллотировался в народные депутаты СССР, однако его кандидатура решением окружной избирательной комиссии не была зарегистрирована.
В 1990 году был избран народным депутатом РСФСР от Советского терр. округа № 539 (Омск). На I съезде народных депутатов России избран членом Совета Республики Верховного Совета РСФСР.
1991 год — выдвинут на должность председателя Верховного Совета РСФСР.
Конец 1991 года — членом Верховного Совета РСФСР Бабуриным — по инициативе народных депутатов РСФСР — членов депутатской группы «Россия», был создан Российский общенародный союз.
12 декабря 1991 года — был одним из 7 депутатов, голосовавших на сессии Верховного Совета против ратификации Беловежского соглашения о прекращении существования Союза ССР и о создании СНГ. Своё голосование Бабурин объяснил тем, что ратификация данного соглашения находится в компетенции Съезда народных депутатов РСФСР.
В апреле 1992 года на VI съезде народных депутатов России вместе с В. Б. Исаковым, М. Г. Астафьевым, Н. А. Павловым и другими возглавил оппозиционный блок фракции «Народное единство».
В сентябре 1992 года группа народных депутатов РСФСР во главе с Сергеем Бабуриным направила в Конституционный суд Российской Федерации ходатайство о проверке законности постановлений Верховного Совета РСФСР от 12 декабря 1991 года «О ратификации Соглашения о создании Содружества Независимых Государств» и «О денонсации Договора об образовании СССР». Это обращение так и не было рассмотрено.
Октябрь 1992 года — избран сопредседателем Фронта национального спасения.
С 21 сентября по 4 октября 1993 года, после издания президентом Ельциным указа № 1400 о роспуске Съезда народных депутатов и Верховного Совета Бабурин находился в осаждённом здании Верховного Совета. 23 сентября был избран председателем Комитета ВС по судебной реформе и вопросам работы правоохранительных органов.
После силового разгона Съезда и парламента Бабурин взял небольшую паузу, заняв пост декана Юридического факультета Омского государственного университета. Однако уже через два месяца Бабурин снова вернулся в большую политику.
После 1993 года
Декабрь 1993 года — избран в Государственную Думу первого созыва по Центральному избирательному округу N 130 Омской области. Создал в Госдуме депутатскую группу «Российский путь».
С 18 июля 1995 года — член предвыборного блока «Власть народу!».
Sergey Baburin.jpg1995 год — избран депутатом Госдумы второго созыва. Участник Конгресса патриотических сил «Русский рубеж».
Февраль 1996 года — избран заместителем председателя Государственной думы Федерального собрания РФ.
Июнь 1996 года — избран заместителем председателя Парламентского Собрания Союза Белоруссии и России.
1997 год — сопредседатель внефракционного объединения депутатов Госдумы РФ «Анти-НАТО», председатель комиссии «Анти-НАТО» Госдумы РФ.
1998 год — защитил докторскую диссертацию и стал доктором юридических наук
1999 год — баллотировался в Государственную думу третьего созыва от «Российского общенародного союза».
С января 2000 года — преподаватель юридического факультета Омского государственного университета.
С 2001 года — председатель партии национального возрождения «Народная воля».
С августа 2002 года — ректор Российского государственного торгово-экономического университета.
С марта 2004 года — зампредседателя Государственной Думы.
С декабря 2007 года (после избрания нового состава Государственной думы РФ, к участию в выборах которой его партия не была допущена Избиркомом РФ) вернулся на должность ректора Российского государственного торгово-экономического университета.
Возглавляет Международную ассоциацию торгово-экономического образования (МАТЭО)
15 апреля 2011 года избран президентом Ассоциации юридических вузов.
В декабре 2011 года состоялся съезд общественно-политического движения «Российский общенародный союз», на котором было принято решение о его преобразовании в политическую партию. Председателем партии на съезде избран Бабурин.
Ректор РГТЭУ
В качестве ректора возглавлял Российский государственный торгово-экономический университет с 2002 года по 2012 год (с перерывом на парламентскую деятельность). За успехи в развитии вуза в 2010 году удостоен звания заслуженный деятель науки РФ.
В декабре 2012 года Министерство образования и науки РФ признало РГТЭУ неэффективным и постановило объединить его с Университетом им. Плеханова. После этого решения в РГТЭУ начались волнения студенчества.
Бабурин написал открытое письмо президенту РФ В. В. Путину с просьбой разобраться в ситуации вокруг вуза.
25 декабря 2012 года уволен приказом Министра образования и науки РФ с поста ректора с выплатой компенсации в размере трёх месячных окладов.[14][15][16] В прессе отмечалось, что на момент увольнения Бабурин находился в больнице с тяжёлой формой пневмонии.
Уволенный со своего поста Бабурин, часть преподавательского коллектива и студентов РГТЭУ сочли действия Министра образования и науки РФ Д. Ливанова незаконными[21], намерены оспорить их в суде, противодействовать всеми законными способами, в том числе обратившись за помощью к главе Русской православной церкви Патриарху Московскому и всея Руси Кириллу, с просьбой помочь сохранить «духовные традиции и принципы» университета.
27 декабря 2012 Бабурин призвал студентов прекратить забастовку. После призыва бывшего ректора акция студентов была прекращена.
После 2012 года
Участвовал в выборах в Московскую городскую Думу 14 сентября 2014 года от КПРФ в 5 избирательном округе (включает в себя: Филёвский парк, Хорошево-Мневники, часть района Щукино) и занял второе место, набрав 24,36 % голосов. Депутатом не избран.
В 2015 году избран президентом Международной Славянской академии наук, образования, искусств и культуры (МСА). 12 декабря 2015 года на Собрании МСА в года Санкт-Петербурге представлен первый номер возобновленного журнала «Славяне», главным редактором которого является Бабурин.
На парламентских выборах 18 сентября 2016 года был выдвинут партией КПРФ в одномандатном округе в Тушинском районе Москвы. По результатам, занял 4-е место. Депутатом не избран.
25 мая 2017 года избран председателем Международного Славянского Совета, объединяющего национальные славянские комитеты 9 государств.
По результатам интернет-праймериз по определению единого кандидата в президенты России от левых сил, проведённого по инициативе координатора «Левого фронта» Сергея Удальцова, Сергей Бабурин не смог выйти во второй тур голосования, в котором Павел Грудинин одержал победу, опередив Юрия Болдырева).
22 декабря 2017 года съезд партии «Российский общенародный союз», прошедший в Москве, единогласно выдвинул Сергея Николаевича Бабурина кандидатом в президенты РФ на выборах 2018 года.