Трудовую деятельность начинал на судах северо-западного речного пароходства в качестве матроса-моториста, председателя профкома Речного училища. С 1983 по 1991 год - инструктор, заведующий отделом, секретарь, председатель Кировского районного совета народных депутатов, глава Администрации района. С 1992 по 1996 год - вице-мэр - председатель Комитета по социальным вопросам Правительства Санкт-Петербурга. С 1993 года занимает пост президента футбольного клуба "Зенит". Под его руководством клуб вошел в элиту российского футбола, в 1999 году команда выиграла Кубок России, в 2002 году стала бронзовым призером чемпионата страны. В 2001 году по инициативе В.Л.Мутко была образована Российская футбольная премьер-лига. Является членом исполкома РФС, президентом Российской футбольной премьер-лиги и вице-президентом Федерации футбола Санкт-Петербурга и Северо-Запада России. В 2002 году избран в исполком Параолимпийского комитета России. В течение 13 лет возглавлял на общественных началах Специальный олимпийский комитет Санкт-Петербурга, занимающийся реабилитацией лиц с врождёнными интеллектуальными недостатками. В течение 10 лет возглавлял благотворительное движение "Золотой Пеликан". В 2003 году назначен членом Совета Федерации в Федеральном Собрании РФ - представителем Федерации от Правительства Санкт-Петербурга. В 2008 году назначен на должность федерального Министра спорта, туризма и молодежной политики Российской Федерации. 12 мая 2008 года освобождён от обязанностей члена Совета Федерации и председателя Комиссии Совета Федерации по делам молодёжи и спорту. В марте 2009 года на 33-м конгрессе УЕФА в Копенгагене был избран в исполком ФИФА. 24 ноября 2009 года на внеочередной конференции Российского футбольного союза исполком Союза утвердил отставку Виталия Мутко с поста президента организации. С 24 ноября 2009 года — председатель Попечительского совета РФС. Со стороны Правительства РФ является куратором чемпионата мира по футболу 2018 года, который пройдет в России. В мае 2013 года на очередном конгрессе УЕФА в Лондоне был вновь выдвинут в исполком ФИФА. Спустя неделю Конгресс ФИФА утвердил кандидатуру В. Л. Мутко в составе Исполнительного комитета Международной федерации футбола от Российской Федерации. 2 сентября 2015 года Виталий Мутко вновь был избран президентом РФС. Срок его полномочий составляет 1 год — до сентября 2016 года. Через год был переизбран на новый четырёхлетний срок. 19 октября 2016 года назначен Заместителем Председателя Правительства Российской Федерации по вопросам спорта, туризма и молодёжной политики. 5 декабря 2017 года МОК своим решением вынес В. Л. Мутко пожизненный запрет на посещение олимпийских игр. 25 декабря 2017 года В. Л. Мутко приостановил свою деятельность на посту президента Российского футбольного союза. 30 декабря 2017 года В. Л. Мутко исключён из состава Оргкомитета чемпионата мира по футболу 2018.
С 18 мая 2018 года по 16 янврая 2019 года являлся заместителем Председателя Правительства Российской Федерации по вопросам строительства и регионального развития.
