С 1999 года трудится в Администрации Санкт-Петербурга. С 2003 года работает в Юридическом комитете Администрации Губернатора Санкт-Петербурга. С августа 2014 года Екатерина Аксенова - заместитель председателя Юридического комитета, с января 2019 года назначена главой комитета.